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[其它] 关于X230跑分子对接软件的openCL的内部报错,请教各位帮忙看看报错信息

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2018-5-27
发表于 2025-10-8 16:35:58| 字数 3,029| - 中国–广东–广州 移动 | 显示全部楼层 |阅读模式
最近在X230上折腾一个份子对接软件,目前在三代i3的thinkpad X230i能流畅运行,只是可能这个老本子的集显HD4000对openCL的支持不知道有什么问题,对受体的蛋白分子结构的pdb文件预处理时有个openCL的内部报错,昨天折腾了一天还没解决。感觉很多分子对程序对硬件的要求不高,但如果mgltools在X230i调入个受体蛋白的结构图会卡成PPT,当然autodock4和Ledock什么的在X230上跑完全没问题,都可以流畅运行。thinkpad不论新旧的本子跑这种lunix环境下的程序感觉稳很多,至少配置到启动很顺利。

看了X230的HD4000对openCL的版本支持没啥问题,dll文件也在,也装了intel 显卡的openCL SDK。运行时的报错信息如下:

======================================================================
[2025-10-05 18:45:47] ℹ️ [提示] ===== 开始处理所有受体 =====
[2025-10-05 18:45:47] ℹ️ [提示] ======================================================================
[2025-10-05 18:45:48] ℹ️ [提示] 发现1个受体文件,准备处理...
[2025-10-05 18:45:48] ℹ️ [提示]   1. 2D7L.pdb
[2025-10-05 18:45:49] ℹ️ [提示] 🔄 处理受体开始: 0/1 (0%)
[2025-10-05 18:45:56] ℹ️ [提示] ✅ seaborn
[2025-10-05 18:45:58] ℹ️ [提示] ✅ pdbfixer
[2025-10-05 18:45:59] ℹ️ [提示] ✅ openbabel
[2025-10-05 18:46:00] ℹ️ [提示] ✅ plip
[2025-10-05 18:46:01] ℹ️ [提示] ✅ pymol
[2025-10-05 18:46:01] ℹ️ [提示] ✅ Vina 已就绪: C:\docking_toolsv1.0_Windows\vina.exe
[2025-10-05 18:46:01] ℹ️ [提示] ✅ 所有依赖检查通过
[2025-10-05 18:46:01] ℹ️ [提示] ✅ 环境检测完成,程序可以运行
[2025-10-05 18:46:01] ℹ️ [提示] 💡 注意:部分功能可能因依赖缺失而受限
[2025-10-05 18:46:01] ✅ [成功] ✅ 环境准备就绪,可以开始使用!
[2025-10-05 18:46:03] ℹ️ [提示]
==================================================
[2025-10-05 18:46:03] ℹ️ [提示] 开始处理受体:2D7L
[2025-10-05 18:46:03] ℹ️ [提示] 原始文件路径:C:\docking_toolsv1.0_Windows\raw_receptors\2D7L.pdb
[2025-10-05 18:46:03] ℹ️ [提示] 目标输出路径:C:\docking_toolsv1.0_Windows\receptors\2D7L\2D7L.pdbqt
[2025-10-05 18:46:03] ℹ️ [提示] --------------------------------------------------
[2025-10-05 18:46:03] ℹ️ [提示] 步骤1/5:验证输入文件...
[2025-10-05 18:46:03] ℹ️ [提示] ✅ 输入文件验证通过(大小:1961.17KB)
[2025-10-05 18:46:03] ℹ️ [提示] 步骤2/5:创建输出目录...
[2025-10-05 18:46:03] ℹ️ [提示] ✅ 输出目录创建成功:C:\docking_toolsv1.0_Windows\receptors\2D7L
[2025-10-05 18:46:03] ℹ️ [提示] 步骤3/5:结构净化...
[2025-10-05 18:46:03] ℹ️ [提示] 执行命令:pdbfixer "C:\docking_toolsv1.0_Windows\raw_receptors\2D7L.pdb" --output "C:\docking_toolsv1.0_Windows\temp\2D7L_clean.pdb" --keep-heterogens=none
[2025-10-05 18:46:04] ℹ️ [提示] ❌ 结构净化失败:OpenCL internal error: Unknown error
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Users\Administrator\miniforge3\envs\docking_env\Scripts\pdbfixer-script.py", line 9, in <module>
    sys.exit(main())
[2025-10-05 18:46:04] ℹ️ [提示]
======================================================================
[2025-10-05 18:46:04] ℹ️ [提示] 受体处理总结:成功0/1
[2025-10-05 18:46:04] ⚠️ [警告] 失败任务详情:
[2025-10-05 18:46:04] ⚠️ [警告]   - 2D7L.pdb:结构净化失败:OpenCL internal error: Unknown error
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Users\Administrator\miniforge3\envs\docking_env\Scripts\pdbfixer-script.py", line 9, in <module>
    sys.exit(main())
[2025-10-05 18:46:04] ℹ️ [提示] 所有受体PDBQT文件保存目录:C:\docking_toolsv1.0_Windows\receptors
[2025-10-05 18:46:04] ℹ️ [提示] ======================================================================

[2025-10-05 18:46:04] ℹ️ [提示] === 受体预处理完成:成功0/1个 ===
[2025-10-05 18:46:04] ⚠️ [警告] 失败任务详情:
[2025-10-05 18:46:04] ⚠️ [警告]   - 2D7L.pdb:结构净化失败:OpenCL internal error: Unknown error
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Users\Administrator\miniforge3\envs\docking_env\Scripts\pdbfixer-script.py", line 9, in <module>
    sys.exit(main())
[2025-10-05 18:46:04] ℹ️ [提示] ✅ 受体预处理任务失败

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发表于 2025-10-9 02:04:20| 字数 159| - 中国–江苏–南京 联通 来自手机版 | 显示全部楼层
E430安装autodock,薛定谔和moe都没问题,,不过,我E430带2G独显,没安装显卡驱动前也没问题,系统是win10 lstc2019。你可以试一试我用的autodock包,重装一下试一试。
链接:https://pan.baidu.com/s/11niEAqq8OV4YQc_16uqZgA?pwd=3tdf 
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